SMP Negeri 109 Jakarta berdiri tanggal 16 Juli 1979. Gedung sekolah dibangun tahun 1978 seluas 1.350 meter persegi di atas tanah seluas 2.821 meter persegi. 

Sejak berdirinya tahun 1979 sampai saat ini, SMPN 109 telah mengalami pergantian kepala sekolah, yaitu:

• Drs. D. J. Octavianus (1979-1989)
• Mangun Sudibja (1989-1993)
• Drs. D. J. Octavianus (1993-1997)
• Drs. H. Iit Rasita (1997-2003)
• Drs. H. Murhanuddin, MM. (2003-2008)
• Drs. H. Gatong Slamet, M.Pd (2008-2013)
• Drs. Bambang Supriyadi, M.Pd. (2013-2015)
• Drs. Abdullah Usman, M. Pd. (2015-2019)
• Drs. Muh Toyib Ali, M.MPd (2019-Sekarang)

SMP Negeri 109 Jakarta memiliki akreditasi grade A dengan nilai 94 (akreditasi tahun 2017) dari BAN-S/M (Badan Akreditasi Nasional).

Setelah melalui ujian dan seleksi SMP Negeri 109 sesuai Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar dan Pendidikan Menengah No. 6555/C/HK.00/2021, SMP Negeri 109 ditetapkan sebagai sekolah penggerak angkatan 1 pada tahun pelajaran 2021/2022. Serta menjadi sekolah rujukan dalam mengimplementasikan Kurikulum Merdeka.